فیلتر قطعه ای نصب شده در فن کویل جهت جلوگیری از ورود ذرات گرد وغبار به درون آن می باشد. فیلترهای استفاده شده در فن کویل ها معمولا قابل شستشو می باشند و در سه نوع 1) آلومینیومی 2) پلیمری 3) پارچه ای تولید می گردند. عموما بدلیل عمرطولانی تر فیلترهای آلومینیومی، از این نوع فیلتر بیشتر استفاده می گردد. فیلترها باید به گونه ای نصب گردند که براحتی بتوان آنها را از فن کویل جدا کرده و پس ازشستشو دوباره نصب کرد.
شرکت اکسون تهویه پارس امکان ارائه محصولات فن کویل با انواع مختلف فیلتررا داشته و آموزشهای لازم جهت شستشو و یا تعویض آن را به کارفرمایان محترم ارائه می دهد.